Una tendencia emergente es el recambio selectivo de sólo las capas afectadas por la patología, técnica denominada queratoplastia laminar. El láser de femtosegundos también se aplica en algunas de estas modalidades de queratoplastia.
 

1. QUERATOPLASTIA LAMINAR ANTERIOR
Si la patología es superficial, una queratoplastia laminar anterior, incluso muy profunda (pre-Descemet), permitirá tratar cualquier condición que no involucre al endotelio corneal. Con esto evitamos el rechazo inmunológico, ya que el endotelio es su principal diana.

2. QUERATOPLASTIA LAMINAR POSTERIOR
Cuando las capas anteriores no están dañadas de forma irreversible, por tratarse de un problema del endotelio, podemos reemplazar éste de manera casi exclusiva, con un mínimo de tejido de soporte, mediante una queratoplastia laminar posterior o endotelial. Se evitan así los problemas de las técnicas clásicas que suponen la trepanación, múltiples suturas y lenta cicatrización.

Otra técnica actual es el trasplante de limbo, que permite regenerar el epitelio con células madre.

La superficie corneal está recubierta por un tejido epitelial en constante recambio a partir de una pequeña población de células madre situadas en la zona de transición llamada limbo, entre el perímetro de la córnea y la conjuntiva.

Algunas enfermedades y traumatismos llegan a destruir esta población y por ello las queratoplastias, sean penetrantes o laminares, tenderán a fracasar por falta de regeneración del epitelio. Se hace necesario aportar nuevas células madre limbares, las cuales pueden provenir del otro ojo del paciente si está indemne, de un familiar donante compatible o de un donante del banco de ojos (trasplante de limbo).

También pueden cultivarse células madre en el laboratorio e injertarlas luego en el ojo enfermo creando un nuevo epitelio.